Deniz Müzesi, 31 Ağustos 1897 tarihinde Bahriye
Nazırı Bozcaadalı Hasan Hüsnü Paşa`nın emirleri ve Tersane Komutanı Amiral Arif
Hikmet Paşa`nın destekleri ile Binbaşı Süleyman Nutki tarafından Tersane-i
Amire bünyesindeki Mayın Müfreze Komutanlığı`na ait binada dünyanın nadir
örneklerinden biri olarak "Müze ve Kütüphane İdaresi" adıyla
kurulmuştur.
Önceleri tasnifi yapılmamış, müze deposu olarak sergiye açılmıştır. 1914
yılında Bahriye Naziri olan Cemal Paşa, denizciliğin tüm kollarında olduğu gibi
müzede de reform yapmış ve müdürlüğe Deniz Yüzbaşı Ressam Ali Sami Boyar`ı
getirerek, bilimsel anlamda müzenin yeniden düzenlenmesine olanak sağlamıştır.
Ali Sami Boyar 1917 yılında müzenin ilk kataloğunu yayınlamış, Türk gemilerinin
tam ve yarım modellerinin yapılması için "gemi model atölyesi" ve
mankenlerin yapıldığı "mulaj (döküm)-manken atölyesi"ni kurarak,
müzenin geliştirilmesine ve bugünkü halini almasına temel oluşturmuştur.
1933 yılında Kasımpaşa`daki Nakkaşhane binasına taşınan müze, bu kez
"Bahriye Müzesi Müdürlüğü" adıyla açılmış, II. Dünya Savaşı`nda ise
olası tahribattan korumak üzere Ankara, İzmit ve Niğde`ye aktarılmıştır. 1946
yılında müzenin tekrar İstanbul`da kurulmasına karar verilerek önce bugünkü
Kuzey Deniz Saha Komutanlığı binasına depolanmış, sonra da Dolmabahçe Camii
Hünkar Mahfeli`ne taşınmıştır. Yeni müze müdürü Haluk Şehsuvaroğlu idaresinde,
1948 sonbaharında Preveze Deniz Zaferi`nin 410. yıldönümü sırasında "Deniz
Müzesi ve Arşivi Müdürlüğü" adı ile ziyarete açılmıştır.
1956 yılında Dolmabahçe yolunun genişletilmesi sırasında müzenin
müştemilatından olan garaj ve kayıkhane binası istimlak edilmiş, burada bulunan
arşiv ve belgeler Dolmabahçe Sarayı`nın kuzey kısmında bulunan (bugünkü Deniz
Tarih Arşivi binası) Arabacılar Dairesi`ne taşınmıştır.
Son olarak 27 Eylül 1961 yılında, Beşiktaş semtinin İskele Meydanı`nda Türk
Amirali Kaptan-ı Derya Barbaros Hayrettin Paşa`nın anıtı ve türbesi yanında,
bugünkü bulunduğu yere taşınmıştır.4 Ekim 2013 de yeni Binasında hizmete
açılmıştır. Türkiye`nin denizcilik alanında en büyük ve içerdiği koleksiyon
çeşitliliği açısından dünyanın sayılı müzelerinden biri olarak varlığını
sürdürmektedir.